Invasione francese di Roma, prigionia ed esilio
Il 28 dicembre 1797, in uno scontro tra giacobini romani e soldati pontifici, venne ucciso il generale francese Mathurin-Léonard Duphot, ospite a Roma dell'ambasciatore francese presso la Santa Sede Giuseppe Bonaparte . La morte di Duphot rappresentò per i francesi il casus belli per scatenare l'invasione dello Stato pontificio. Il 10 febbraio 1798 le truppe francesi, guidate dal generale Louis-Alexandre Berthier, invasero Roma dando inizio all'occupazione della città. Berthier marciò senza incontrare resistenza, dandosi poi al saccheggio dei tesori d'arte del Vaticano (tra cui la requisizione di quasi l'intero Museo Profano, pieno di antiche pietre preziose). Il 15 febbraio fu dichiarato decaduto il potere temporale del pontefice e fu proclamata, sul modello francese, la Repubblica Romana.
Il pontefice mantenne un contegno improntato alla fermezza. Ciò indispettì le autorità francesi che, dopo avergli sottratto tutte le rendite ed averlo spogliato di tutti i suoi beni, dapprima accerchiarono il Palazzo Vaticano e poi il 20 febbraio lo arrestarono. Il generale Berthier ingiunse al pontefice di lasciare Roma. Il pontefice fu condotto in esilio a Siena, nel Granducato di Toscana, che era uno Stato neutrale. L'arcivescovo Zondadari si premurò di trovargli un alloggio. Il pontefice soggiornò nel convento di Sant'Agostino (lo stesso dove dormì nel 1411 Gregorio XII, anch'egli esule da Roma, nel viaggio che lo condusse a Rimini). Nel frattempo il granduca Ferdinando III informò le grandi potenze cattoliche (Impero e Spagna) del fatto.
Intanto a Roma, quando si diffuse la notizia che il papa era stato deportato, il 25 febbraio scoppiò una rivolta. Furono accusati di averla fomentata gli ecclesiastici: ne scaturì una feroce persecuzione. Vennero arrestati quasi tutti i cardinali e i prelati di Curia che erano ancora rimasti in città. Tra essi i cardinali Antonelli, Doria, Borgia, Roverella, della Somaglia e Carandini e il Governatore di Roma, monsignor Crivelli. Tutti i predetti rifiutarono di prestare giuramento alla repubblica. Furono imprigionati nel monastero delle Convertite al Corso, poi trasferiti a Civitavecchia e, di qui, costretti a lasciare lo Stato Pontificio. Anch'essi trovarono rifugio in Toscana. Il cardinal decano Giovan Francesco Albani si rifugiò a Napoli.
Da Siena il pontefice pubblicò una bolla nella quale prescrisse ai cardinali di tenere il futuro conclave nel luogo da loro ritenuto più idoneo e sicuro, anche fuori Roma. Il 26 maggio Siena fu colpita da un fortissimo terremoto. Il pontefice fu trasferito in un altro alloggio. Il granduca Ferdinando III si recò a Roma per conferire con il generale comandante dell'Armata francese. Risultato: Pio VI dovette lasciare Siena. Venne condotto, sempre in forma di arresto, alla Certosa di San Casciano, 3 km a sud di Firenze, dove fu segregato nel convento. Durante la sua detenzione nel monastero, la sua cella fu guardata a vista da due commissari francesi. Il pontefice si ammalò: l'infermità fu così seria che Pio VI perse l'uso delle gambe e non fu più in grado di reggersi in piedi. Trascorse così il 1798. Durante questo periodo firmò la bolla Cum nos superiori (13 novembre 1798). In essa il pontefice emanò nuove disposizioni per regolamentare il periodo di sede vacante e le modalità di convocazione del conclave.
Da Parigi il Direttorio fece pressioni sul Granduca affinché il pontefice fosse trasferito in un altro stato, più lontano da Roma. Prima ancora che venisse presa una decisione, nel marzo 1799 i francesi invasero il Granducato. Dopo la partenza per l'esilio di Ferdinando III, essi ordinarono a Pio VI di lasciare la Toscana. Il 27 marzo il Papa uscì dalla Certosa dopo nove mesi e 28 giorni di reclusione e fu costretto a trasferirsi altrove. Aveva 81 anni e non poteva più camminare. Si decise di portarlo a Bologna, credendola città anticlericale. Ma, quando i francesi lo esposero al popolo, Pio VI, invece di essere ingiuriato, venne acclamato. Fu allora decretata la sua carcerazione in Francia. Sostò 13 giorni a Parma (1-13 aprile), poi i francesi, avendo capito che gli Austriaci erano già sulle sue tracce per liberarlo, lo condussero a Torino, dove il pontefice giunse prostrato il 23 aprile.
Il giorno seguente ripartì: non sapeva ancora che la destinazione finale fosse la Francia. Quando gli venne comunicato, pensò che dovesse finire i suoi giorni sotto la ghigliottina. Valicate faticosamente le Alpi al Passo del Monginevro, giunse a Briançon il 30 aprile. Fu obbligato a dimorare in quella città per cinquanta giorni. Per avvilire il pontefice e per deprimerlo moralmente, furono allontanati i membri della Corte pontificia che lo assistevano personalmente dall'inizio dell'esilio. Dopo cinquanta giorni il Direttorio, giudicando che Briançon fosse troppo vicina al teatro della guerra, ordinò di trasportare il pontefice a Valence, nel Delfinato (ad ovest della Savoia). Il viaggio durò dal 27 giugno al 14 luglio.
In ogni città in cui si fermò, il pontefice fu acclamato dalla popolazione, nonostante le contromisure prese dagli ufficiali francesi. Ad esempio, l'arrivo a Grenoble (città che contava diverse decine di migliaia di abitanti) avvenne in piena notte il 6 luglio. Nonostante ciò migliaia di persone scesero in strada per vederlo. A Grenoble il pontefice ebbe la consolazione di rincontrare i prelati di Corte. Giunto Pio VI a Valence, la città che lo ospitò fino alla fine dei suoi giorni, l'Amministrazione comunale, per ordine del Direttorio, emise un decreto nel quale si definì il pontefice “prigioniero di Stato” e lo si dichiarò detenuto. In conseguenza di ciò, fu raddoppiata la vigilanza sulla sua persona e furono poste sentinelle in ciascun ambiente dell'edificio in cui alloggiò. Tutte le comunicazioni con l'esterno gli furono vietate. Pio VI mantenne un estremo contegno e non lasciò mai l'abito papale.
Quaranta giorni dopo giunse un nuovo ordine del Direttorio: poiché Valence era troppo vicina ad Avignone, ex città pontificia, il prigioniero doveva essere trasportato a Digione, nella Francia centrale. L'opposizione del municipio di Valence, cui conveniva che il papa rimanesse per i vantaggi che ne riceveva, specialmente nelle spese di mantenimento della Corte pontificia, fece sì che questa volta l'ennesimo trasferimento non venisse eseguito. Il 13 agosto 1799 il pontefice firmò il suo ultimo documento ufficiale, il breve Quoties animo.
Morte e sepoltura
Il 19 agosto Pio VI si ammalò gravemente. Il 27 gli venne impartita l'estrema unzione, mentre il testamento era già stato redatto nei primi mesi di esilio, durante la sua permanenza a Siena.
Il Papa morì nel pomeriggio del 29 agosto. Il suo corpo rimase insepolto per ordine delle autorità comunali. Intanto a Venezia, regione conquistata dall'Austria imperiale e luogo del conclave, si svolse l'orazione funebre alla presenza del Sacro Collegio (30 ottobre).
Il 29 gennaio 1800 Pio VI fu sepolto, come un comune cittadino, nel cimitero civico. Sulla cassa fu scritto: «Cittadino Giannangelo Braschi - in arte Papa». Dopo quasi due anni il nuovo pontefice, Pio VII, riuscì a persuadere il municipio a consegnargli le spoglie. Il corpo venne riesumato il 24 dicembre 1801. La salma fu imbarcata a Marsiglia per Genova e fu esposta più volte alla venerazione dei fedeli. Il 9 febbraio 1802 arrivò a Pisa, nella cui cattedrale era stato predisposto un imponente catafalco. Giunse a Civitavecchia il 10 febbraio, ottenne finalmente le esequie ufficiali il 17 febbraio, in una cerimonia presieduta dallo stesso Pio VII. Il giorno dopo, la salma del pontefice ricevette degna sepoltura nella Basilica di San Pietro.
Per decreto di papa Pio XII, nel 1949, i resti di Pio VI vennero spostati dalla cappella della Madonna di San Pietro nelle Grotte Pontificie, posti in un antico sarcofago romano di marmo ritrovato durante gli scavi. Sopra la sua tomba, appesa al muro, venne posta una lapide con la seguente iscrizione:
(LA)
«MORTALES PII VI EXVVIAS QVEM INIVSTVM CONSVMPSIT EXILIVM PIVS XII PONT. MAX. HEIC DIGNE COLLOCARI AC MARMOREO ORNAMENTO ARTE HISTORIAQVE PRAESTANTISSIMO DECORARI IVSSIT A. MCMXXXXIX»
(IT)
«I resti mortali di Pio VI, che un ingiusto esilio sfinì, per ordine di Pio XII vennero deposti in una degna e decorosa collocazione, illustre per arte e storia, nel 1949»
A Valence la morte di Pio VI viene ricordata il 29 agosto di ogni anno.
Pio VI fu l'ultimo papa a morire fuori dall'Italia: l'ultimo era stato Urbano V, deceduto ad Avignone nel 1370, all’epoca della cattività avignonese.
Il pontificato di Pio VI è durato 24 anni, 6 mesi e 14 giorni, tuttora il quinto più lungo della storia dopo quello di San Pietro, Pio IX, Giovanni Paolo II e Leone XIII.